12岁女孩经期内裤上有褐色分泌物，可能是以下原因导致的：
1.正常的生理现象：一般在初潮后的1-2年内，由于卵巢功能尚未完全发育成熟，可能会出现月经周期不规律、经血量少、经血颜色异常等情况，这是正常的生理现象，一般无需特殊处理，随着年龄的增长，卵巢功能逐渐发育成熟，月经会逐渐规律。
2.排卵期出血：如果褐色分泌物出现在两次月经中间，且持续时间较短，无其他不适症状，可能是排卵期出血，这是由于排卵期雌激素水平短暂下降，子宫内膜失去雌激素的支持，部分脱落而引起的阴道出血，一般无需特殊处理。
3.妇科炎症：如阴道炎、宫颈炎、子宫内膜炎等，可能会导致阴道分泌物增多，颜色异常，伴有异味、瘙痒等不适症状。
4.内分泌失调：如长期熬夜、精神压力过大、情绪波动等，可能会导致内分泌失调，影响激素水平，从而引起月经异常。
5.其他：如异物残留、药物副作用等，也可能会导致月经异常。
如果褐色分泌物持续时间较长或伴有其他不适症状，建议及时就医，进行相关检查，如B超、性激素六项等，以明确病因，并在医生的指导下进行治疗。同时，家长应注意女孩的生理卫生，保持外阴清洁，勤换内裤，避免食用辛辣、刺激性食物。