小肚子两边疼可能由多种原因引起，以下是一些常见的原因：
1.盆腔炎：女性生殖系统有炎症时，可导致小肚子两边疼，同时可能伴有白带异常、异味、发热等症状。
2.附件炎：如果女性患有附件炎，炎症刺激可引起小肚子两边疼，尤其在劳累、性交后及月经前后加重。
3.异位妊娠：受精卵在子宫体腔以外着床称为异位妊娠，其中以输卵管妊娠最为常见。异位妊娠可导致阴道流血、腹痛等症状，若发生流产或破裂，可引起腹腔内出血，导致小肚子两边剧烈疼痛。
4.卵巢囊肿：如果卵巢内形成囊肿，可能会因为体位变化、剧烈运动等发生扭转，从而引起小肚子两边疼，还可能伴有恶心、呕吐等症状。
5.输尿管结石：如果结石位于输尿管下段，可引起小肚子两边疼，并向会阴部放射，同时可能伴有血尿、尿频、尿急等症状。
6.肠痉挛：这是一种常见的胃肠道疾病，可导致小肚子阵发性疼痛，多在排气或排便后缓解。
7.其他：男性前列腺炎、精索静脉曲张，女性宫颈炎、子宫内膜异位症等也可能导致小肚子两边疼。
如果出现小肚子两边疼的症状，建议及时就医，进行相关检查，如B超、血常规、尿常规等，以明确病因，并在医生的指导下进行治疗。同时，在就诊前应注意休息，避免剧烈运动和性生活，保持局部清洁卫生。