小肚子两边疼可能由多种原因引起，以下是一些可能的原因：
1.盆腔炎：盆腔炎是女性盆腔生殖器官及其周围结缔组织、盆腔腹膜发生炎症时的统称，可局限于一个部位，也可同时累及几个部位，最常见的是输卵管炎、输卵管卵巢炎。主要表现为下腹部疼痛、阴道分泌物增多、发热等，疼痛可在性交后、月经前后加剧。
2.附件炎：附件炎是指输卵管和卵巢的炎症，多发生于育龄妇女，炎症可局限于一侧或双侧，常伴有白带增多、腰疼、月经失调等症状。
3.膀胱炎：膀胱炎是发生在膀胱的炎症，主要由特异性和非特异性细菌感染引起，还有其它特殊类型的膀胱炎。特异性感染指膀胱结核而言。非特异性膀胱炎系大肠杆菌、副大肠杆菌、变形杆菌、绿脓杆菌、粪链球菌和金黄色葡萄球菌所致。主要表现为尿频、尿急、尿痛、下腹部疼痛等症状。
4.输尿管炎：输尿管炎是输尿管的炎症，多由逆行感染所致，主要表现为尿频、尿急、尿痛、下腹部疼痛等症状。
5.疝气：疝气是指腹腔内的脏器通过腹股沟区的缺损向体表突出所形成的包块，常见的有腹股沟直疝、腹股沟斜疝、股疝等。主要表现为腹股沟区或阴囊内有可复性肿块，有时可坠入阴囊，伴有坠胀感、疼痛等症状。
6.精索静脉曲张：精索静脉曲张是指精索内蔓状静脉丛的异常扩张、伸长和迂曲，可导致阴囊疼痛和下坠感，并可影响精子的生成和发育。主要表现为阴囊或睾丸有坠胀感或坠痛，疼痛可向下腹部、腹股沟区或腰部放射，劳累或久站后症状加重，平卧休息后症状减轻或缓解。
7.其他：小肚子两边疼还可能与腹部肌肉拉伤、腹部受凉、消化不良、肠痉挛等有关。
如果出现小肚子两边疼的症状，建议及时就医，明确病因，以便进行针对性治疗。