小肚子两边疼可能由多种原因引起，以下是一些常见的原因：
1.盆腔炎：女性生殖系统有炎症时，可引起小肚子两边疼，同时可能伴有白带异常、阴道出血等症状。
2.附件炎：输卵管和卵巢的炎症，也会导致小肚子两边疼，常伴有月经不调、痛经等症状。
3.异位妊娠：受精卵在子宫体腔以外着床发育，可能导致小肚子两边疼，甚至出现阴道流血、休克等症状。
4.膀胱炎：膀胱位于子宫的两侧，炎症刺激可引起小肚子两边疼，同时可能伴有尿频、尿急、尿痛等症状。
5.输尿管结石：输尿管结石可引起小肚子两边疼，疼痛剧烈，常伴有血尿。
6.肠痉挛：肠道痉挛也可能导致小肚子两边疼，一般与饮食不当、腹部受凉等有关。
7.其他：男性前列腺炎、精索静脉曲张，女性卵巢囊肿蒂扭转、黄体破裂等也可能引起小肚子两边疼。
如果出现小肚子两边疼的症状，建议及时就医，进行相关检查，如B超、血常规、尿常规等，以明确病因，并进行针对性治疗。同时，在就医前应注意休息，避免剧烈运动，避免食用辛辣、刺激性食物。