根据你的描述，可能有以下原因：
1.泌尿系统感染：如尿道炎、膀胱炎等，炎症刺激可导致尿频、尿急、尿痛，同时可能伴有腰部疼痛。此外，还可能出现尿液异常、发热等症状。治疗一般采用抗生素，如左氧氟沙星、阿莫西林等。同时，要注意多喝水，促进排尿，有助于病情恢复。
2.泌尿系统结石：如肾结石、输尿管结石等，可引起腰部疼痛，疼痛可向会阴部放射，同时可能伴有血尿、尿频、尿急等症状。较小的结石可以通过多喝水、多运动等方式自行排出，较大的结石需要进行体外冲击波碎石或手术治疗。
3.前列腺炎或前列腺增生：男性患者可能由于前列腺炎或前列腺增生导致小肚子憋尿疼、腰两侧疼。除了疼痛，还可能出现尿频、尿急、尿痛、尿不尽等症状。治疗方法包括药物治疗、物理治疗等，具体治疗方案需要根据病情而定。
4.妇科疾病：女性患者可能由于盆腔炎、宫颈炎、附件炎等妇科疾病导致小肚子憋尿疼、腰两侧疼。此外，还可能出现白带异常、月经不调等症状。治疗方法包括药物治疗、物理治疗、手术治疗等，具体治疗方案需要根据病情而定。
5.其他：如腰椎间盘突出、腰肌劳损等，也可能导致腰部疼痛，但一般不会出现尿频、尿急等症状。
总之，小肚子憋尿疼、腰两侧疼的原因较多，建议及时就医，明确诊断，以便进行针对性治疗。同时，要注意个人卫生，避免憋尿，多喝水，多排尿，有助于预防泌尿系统感染。