小肚子两侧疼的原因有很多，可能是生理性的，也可能是病理性的。以下是一些可能的原因：
1.排卵痛：女性在排卵期可能会出现小肚子两侧疼痛，这是由于卵子排出时卵泡破裂，卵泡液对腹膜的刺激引起的。通常这种疼痛比较轻微，持续时间也较短，不需要特殊治疗。
2.盆腔炎：盆腔炎是女性上生殖道感染引起的一组疾病，包括子宫内膜炎、输卵管炎、输卵管卵巢脓肿和盆腔腹膜炎。炎症可导致小肚子两侧疼痛、下坠感，还可能伴有发热、阴道分泌物增多等症状。
3.异位妊娠：受精卵在子宫体腔以外着床称为异位妊娠，其中以输卵管妊娠最为常见。异位妊娠可能导致小肚子两侧疼痛，常伴有阴道流血，严重时可能出现晕厥和休克。
4.卵巢囊肿蒂扭转：卵巢囊肿蒂扭转是指供应卵巢囊肿的血管发生扭转，导致卵巢缺血、坏死。这种情况会引起小肚子剧烈疼痛，需要及时手术治疗。
5.黄体破裂：在排卵后，黄体形成并逐渐增大，若受到外力作用或剧烈运动，可能导致黄体破裂。黄体破裂也会引起小肚子两侧疼痛，严重时可能出现腹腔内出血。
6.其他原因：小肚子两侧疼痛还可能与其他妇科疾病、肠道疾病、泌尿系统疾病等有关。
如果出现小肚子两侧疼痛，建议及时就医，进行相关检查，如B超、血常规等，以明确病因，并采取相应的治疗措施。同时，在日常生活中，要注意个人卫生，保持良好的生活习惯，避免过度劳累和剧烈运动。如果疼痛持续不缓解或加重，应及时就医。