小肚子两侧疼可能由多种原因引起，以下是一些常见的原因：
1.盆腔炎：女性生殖系统有炎症时，可导致小肚子两侧疼痛，还可能伴有白带异常、异味等症状。
2.附件炎：如果炎症发生在卵巢和输卵管部位，也会引起小肚子两侧疼痛，尤其在劳累、性交后加重。
3.排卵期腹痛：女性在排卵期时，卵泡破裂，卵泡液对腹膜产生刺激，可能会引起小肚子两侧疼痛，一般为单侧疼痛，可持续几个小时，甚至1-2天。
4.异位妊娠：受精卵在子宫体腔以外着床，称为异位妊娠，其中以输卵管妊娠最为常见。异位妊娠可导致小肚子两侧疼痛，甚至出现阴道流血、晕厥与休克等症状。
5.卵巢囊肿蒂扭转：卵巢囊肿蒂扭转是妇科常见的急腹症之一，由于囊肿的蒂部较长，体积较大，活动度高，当受到肠蠕动或体位变动等因素影响时，可导致囊肿蒂扭转，引起小肚子两侧疼痛，还可能伴有恶心、呕吐等症状。
6.输尿管结石：如果结石位于输尿管下段，可引起小肚子两侧疼痛，并向会阴部放射，还可能伴有血尿等症状。
7.其他：男性精索静脉曲张、疝气等疾病，也可能导致小肚子两侧疼痛。
如果出现小肚子两侧疼的症状，建议及时就医，明确原因，并进行针对性治疗。同时，在日常生活中，要注意个人卫生，保持良好的生活习惯，避免过度劳累和剧烈运动。如果是女性，还要注意经期卫生，避免经期性生活。