小肚子两侧疼可能由多种原因引起，以下是一些常见的原因：
1.盆腔炎：女性生殖系统有自然的防御功能，在正常情况下，能抵御细菌的入侵，只有当机体的抵抗力下降，或由于其他原因使女性的自然防御功能遭到破坏时，才会导致盆腔炎的发生。盆腔炎是女性上生殖道及其周围组织的炎症，主要包括子宫内膜炎、输卵管炎、输卵管卵巢脓肿、盆腔腹膜炎。炎症可局限于一个部位，也可同时累及几个部位，最常见的是输卵管炎、输卵管卵巢炎。多发生在性活跃期、有月经的妇女，初潮前、绝经后或未婚者很少发生盆腔炎。若发生盆腔炎也往往是邻近器官炎症的扩散。按其发病过程、临床表现可分为急性与慢性两种。
2.附件炎：附件炎是致病微生物侵入生殖器官后引起输卵管、卵巢感染的常见疾病。分为急性和慢性两种。急性附件炎症状明显，如发热、寒战、下腹剧痛等。慢性附件炎有程度不同的腹痛，或小腹坠胀和牵扯感，时轻时重，伴有白带增多、腰疼、月经失调等症状。
3.异位妊娠：受精卵在子宫体腔以外着床称为异位妊娠，习称宫外孕。异位妊娠以输卵管妊娠最常见。病因常由于输卵管管腔或周围的炎症，引起管腔通畅不佳，阻碍孕卵正常运行，使之在输卵管内停留、着床、发育，导致输卵管妊娠流产或破裂。在流产或破裂前往往无明显症状，也可有停经、腹痛、少量阴道出血。破裂后表现为急性剧烈腹痛，反复发作，阴道出血，以至休克。
4.卵巢囊肿：卵巢囊肿属广义上的卵巢肿瘤的一种，各种年龄均可患病，但以20—50岁的女性最为多见。卵巢肿瘤是女性生殖器常见肿瘤，有各种不同的性质和形态，即：一侧性或双侧性、囊性或实性、良性或恶性，其中以囊性多见，有一定的恶性比例。
5.排卵性腹痛：在排卵期内出现下腹部胀痛感，这是由于卵泡破裂所致。一般来说，这种疼痛并不影响健康，也无不良后果，但有极少数人因排卵期卵泡破孔较大，损伤小血管造成卵巢破裂使腹腔内出血，形成妇科急症，须到医院治疗。
6.排卵性腹痛：这种腹痛多发生在两次月经周期的中间，如月经周期为28天，腹痛一般发生于下次月经前14天左右，故为期1—2天。排卵性腹痛是一种生理现象，不影响健康，也不影响日后婚育。若仅是偶尔发生，且疼痛轻微，无其他不适，可注意适当休息，不必治疗。若腹痛剧烈，可临时内服止痛药。若每个月都有规律的发生，可在医生的指导下服用一段时间的短效避孕药，以改善症状。
7.其他：除了上述原因外，小肚子两侧疼还可能与其他因素有关，如腹部受凉、肠痉挛、疝气等。
总之，小肚子两侧疼可能是多种疾病的症状之一，如果疼痛持续或加重，建议及时就医，以便明确诊断并进行相应的治疗。