小肚子两边隐隐作痛可能与多种原因有关，以下是一些可能的情况：
1.盆腔炎：女性生殖系统有炎症时，可能会导致小肚子两边隐痛，同时可能伴有白带异常、阴道出血等症状。
2.附件炎：如果输卵管和卵巢发生炎症，也会引起小肚子两边疼痛，多为双侧性，在月经期或劳累后加重。
3.异位妊娠：受精卵在子宫体腔以外着床称为异位妊娠，其中以输卵管妊娠最常见。异位妊娠会导致停经、阴道流血和腹痛，腹痛通常发生在一侧下腹部，呈撕裂样疼痛。
4.排卵期腹痛：在排卵期，卵子排出后，卵泡液对腹膜的刺激可能会引起小肚子两边隐痛或坠胀感，这是正常的生理现象，一般持续1-2天会自行缓解。
5.其他：膀胱炎、输尿管结石等泌尿系统疾病，以及疝气、肠痉挛等也可能引起小肚子两边疼痛。
如果出现小肚子两边隐隐作痛的情况，建议及时就医，进行相关检查，如B超、血常规、尿常规等，以明确病因，并采取相应的治疗措施。同时，在日常生活中，要注意个人卫生，保持外阴清洁，避免过度劳累和剧烈运动，注意保暖，避免着凉。