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好发于55～75岁人群。发病有明显的地域差异性，亚洲发病率最高，其中以泰国东北部最高（>80/10万）。西方国家发病率较低。这可能与饮食习惯有关。
主要危险因素包括：肝吸虫病、遗传性疾病（如Caroli病）、胆管结石、慢性胆管炎、原发性硬化性胆管炎、化学致癌物(二氧化钍和亚硝胺等)、遗传因素、胆源性肝硬化等。与原发性肝细胞癌有关的危险因素基本也是肝内胆管细胞癌的风险因素，如病毒性肝炎（38%的肝内胆管癌患者HBsAg阳性，13%为HCV阳性）、肥胖、酗酒、吸烟等。
不洁饮食（肝吸虫）、病毒性肝炎相关传播途径等。
