结直肠腺瘤主要与结直肠癌和家族性结肠腺瘤息肉病鉴别。

（1）结肠癌：以腹痛、贫血和腹部包块为主要表现，可以出现消瘦、乏力、食欲减退，结肠镜检查可以发现肿物呈结节状、息肉状和菜花状，病理检查发现肿瘤呈浸润性生长，可有转移。

（2）直肠癌：主要表现为排便次数增多、肛门有下坠感，粪便表面带血，粪便变形、变细，可以出现便秘与腹泻交替。内镜检查可以发现结节状、息肉状和菜花状肿物。

（3）家族性结肠腺瘤息肉病（FAP）：结直肠内布满大小不一的腺瘤，腺瘤数量多（＞100个），是遗传性疾病，30岁左右症状最明显。

（4）遗传性非息肉病性结直肠癌（HNPCC）：是一种常染色体显性遗传的家族性肿瘤综合征。家族中异常基因携带者早期发生结直肠癌（平均年龄44岁），多为右侧结肠癌，同时性和异时性多原发癌也较多见，其临床表现与结肠癌无异。鉴别诊断依据家族史及遗传学检测。HNPCC患者子宫内膜癌、卵巢癌、胃癌等其他部位的恶性肿瘤亦明显高于正常人群。

（5）其他少见的遗传性肠道息肉（腺瘤）病等。