小脑萎缩的成因较为复杂，其中遗传因素是常见原因之一，约有5%-10%的小脑萎缩患者是由遗传基因突变导致，比如脊髓小脑性共济失调相关基因发生突变就可能引发小脑萎缩。
一、遗传因素相关
某些基因突变： 像脊髓小脑性共济失调（SCA）相关的基因，如SCA1、SCA2等基因发生特定突变时，会影响神经系统正常功能，逐渐导致小脑萎缩。这类遗传导致的小脑萎缩往往有家族遗传倾向，家族中若有相关病史，其他成员患病风险会相对增高。
二、神经系统疾病引发
多发性硬化： 这是一种中枢神经系统炎性脱髓鞘疾病，当病变累及小脑相关神经通路时，随着病情进展，可能引发小脑萎缩。患者除了小脑萎缩表现外，还可能出现肢体无力、视力障碍等症状。帕金森病晚期： 帕金森病是常见的神经退行性疾病，在疾病晚期，部分患者会出现小脑萎缩情况，同时还会伴有运动迟缓、震颤等典型帕金森病症状进一步加重的表现。
三、其他因素影响
中毒因素： 长期接触某些有毒物质也可能导致小脑萎缩，比如长期酗酒引发的酒精中毒，酒精会对小脑等神经系统造成慢性损害，进而引起小脑萎缩。还有长期接触重金属，如铅、汞等，也可能损伤神经系统，导致小脑萎缩发生。营养不良： 长期营养不良，尤其是缺乏某些重要营养素，如维生素B12等，会影响神经系统的正常代谢，长期下去可能引发小脑萎缩。维生素B12缺乏会影响神经髓鞘的合成，导致神经系统病变，包括小脑部位。