功能性消化不良可根据不同表现选择药物，若有上腹痛、烧灼感等症状，可选用抑酸剂；若有早饱、腹胀等症状，可选用促胃肠动力药等。
一、抑酸剂
适用于以反酸、上腹痛或烧灼感为主要症状者。常用的有质子泵抑制剂，如奥美拉唑等，其通过抑制胃酸分泌来缓解症状，能有效减轻胃酸对胃黏膜的刺激。
二、促胃肠动力药
对于以早饱、腹胀、恶心等为主要症状者适用。如多潘立酮，可促进胃肠蠕动，加快胃排空，改善消化不良引起的腹胀等不适。老年人使用时需注意可能存在的心脏方面风险，应在医生指导下谨慎使用。
三、助消化药
适用于消化不良伴腹胀等情况。如复方消化酶制剂，含有多种消化酶，能帮助消化食物，改善消化不良症状，儿童使用时需严格遵循儿童用药规范，避免自行用药。
四、抗抑郁焦虑药
部分功能性消化不良患者伴有抑郁、焦虑等情绪问题，可使用抗抑郁焦虑药。如三环类抗抑郁药等，但这类药物有一定的副作用，使用时需权衡利弊，尤其要关注特殊人群如老年人、儿童等的用药反应。