功能性消化不良可使用促胃肠动力药，如多潘立酮；抑酸剂，如奥美拉唑；抗酸剂，如铝碳酸镁；助消化药，如复方消化酶等。
促胃肠动力药
多潘立酮能促进胃肠蠕动，加快胃排空，缓解腹胀、早饱等症状，适用于以腹胀、早饱等为主要表现的功能性消化不良患者，一般成人可使用，儿童需谨慎，需在医生指导下评估使用。
抑酸剂
奥美拉唑属于质子泵抑制剂，能抑制胃酸分泌，对于有反酸、烧心等症状的功能性消化不良患者适用，成人常用，老年人及肝肾功能不全者需调整剂量，应遵医嘱使用。
抗酸剂
铝碳酸镁可中和胃酸，迅速缓解胃痛、胃灼热感等症状，适用于有反酸、胃痛等症状的功能性消化不良患者，成人和儿童均可使用，但儿童用量需遵医嘱，服用时要注意按照正确方法。
助消化药
复方消化酶能补充消化酶，帮助消化，改善消化不良引起的腹胀、食欲不振等情况，成人和儿童均可使用，儿童使用时需根据年龄调整剂量，在医生指导下服用。