生殖器官疼痛可能与外伤、尿路感染、阴茎海绵体感染、尿道有结石等有关，处理方法包括药物治疗、手术治疗等。具体如下：
一、原因：
1.外伤所致：局部如果曾经受过伤，或者在进行医源性操作时，都可能会引发短期的疼痛。
2.尿路感染：这会致使患者尿道内疼痛以及排尿疼痛，进而导致生殖器疼痛。
3.阴茎海绵体的感染：当阴茎海绵体出现炎症、脓肿等情况，会在勃起时产生疼痛或是出现持续性疼痛。
4.尿道有结石：若尿道存在结石，排尿时不仅会有疼痛，还会伴有向阴茎的放射疼痛。
二、治疗方案：
1.药物治疗：
(1)如果是泌尿生殖道感染引发的阴茎痛，可采用抗生素进行治疗。
(2)若包皮龟头发生感染导致疼痛，可应用如红霉素之类的抗生素软膏。但使用药物必须在医生指导下进行。
2.手术治疗：如果是因为阴茎硬结症而产生疼痛，可通过手术切除局部硬结，这样能够逐渐缓解疼痛。
总之，当出现生殖器官疼痛时，要及时明确原因，然后根据具体情况选择合适的治疗方法，以缓解疼痛症状，保障生殖健康。