生殖器官疼痛可能与外伤、尿路感染、阴茎海绵体感染、尿道有结石等有关，相应的处理方式包括药物治疗、手术治疗等。具体情况如下：
一、原因：
1.外伤导致：如果局部曾经受过伤，或者在进行医源性操作时，都可能会引发短期的疼痛。
2.尿路感染：当发生尿路感染时，会使患者尿道内出现疼痛，在排尿时疼痛加剧，进而导致生殖器疼痛。
3.阴茎海绵体的感染：阴茎海绵体若产生炎症、脓肿等情况，会在勃起时产生疼痛，或者出现持续性疼痛。
4.尿道有结石：尿道内存在结石，在排尿过程中不仅会有疼痛，还会伴有向阴茎放射的疼痛。
二、治疗方案：
1.药物治疗：
(1)如果阴茎痛是由于泌尿生殖道感染引起的，可采用抗生素进行治疗。
(2)若包皮龟头发生感染而导致疼痛，可使用如红霉素之类的抗生素软膏。但使用药物一定要在医生的指导下进行。
2.手术治疗：若是因为阴茎硬结症而产生疼痛，可通过手术切除局部硬结，这样能够逐步缓解疼痛。
总之，当出现生殖器官疼痛时，要及时明确原因，并根据具体情况选择合适的治疗方法，以有效缓解疼痛，保障生殖健康。