功能性消化不良的用药需根据具体症状来选择，若有餐后饱胀、早饱等症状，可选用促胃肠动力药，如多潘立酮；若有上腹痛、烧灼感等症状，可选用抑酸剂，如奥美拉唑等。
一、促胃肠动力药
适用于以餐后饱胀、早饱为主要症状者。这类药物能增强胃肠道蠕动，促进胃排空，缓解消化不良症状。对于儿童功能性消化不良，需谨慎使用，儿童胃肠道功能尚未完全发育成熟，使用不当可能影响正常胃肠功能。
二、抑酸剂
对于有上腹痛、反酸、烧心等症状的患者较为适用。包括H₂受体拮抗剂（如雷尼替丁）和质子泵抑制剂（如奥美拉唑）等。质子泵抑制剂抑酸作用更强且作用持久，但老年人使用时需注意药物相互作用及可能的不良反应，如长期使用可能影响维生素B₁₂吸收等。
三、助消化药
如复方消化酶制剂等，可补充消化酶，帮助消化，改善消化不良引起的腹胀、食欲不振等症状。儿童使用时要根据年龄和体重选择合适的制剂，且需注意药物成分是否会对儿童胃肠道产生刺激。
四、抗抑郁药
对于伴有明显精神因素，如焦虑、抑郁的功能性消化不良患者，可使用抗抑郁药。但这类药物儿童一般不适用，成人使用时要严格遵循医嘱，注意药物的不良反应，如可能引起嗜睡、口干等。