胃肠功能紊乱的药物治疗需根据具体症状来选，比如出现消化不良症状时，常用多酶片等药物，一般能帮助改善消化功能，缓解相关不适。
调节胃肠动力的药物
莫沙必利：属于促胃肠动力药，能促进乙酰胆碱的释放，增强胃肠道蠕动，加快胃的排空，一般可用于改善胃肠功能紊乱引起的早饱、腹胀等症状。伊托必利：同样是促胃肠动力药，通过促进乙酰胆碱释放并抑制其分解，来增强胃肠动力，对胃肠功能紊乱导致的消化不良等情况有一定的缓解作用。
调节肠道菌群的药物
双歧杆菌四联活菌片：含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌等多种有益菌，能补充肠道有益菌群，调节肠道菌群平衡，改善胃肠功能紊乱引起的肠道功能失调，比如腹泻、便秘等情况。地衣芽孢杆菌活菌胶囊：可调整肠道菌群，让肠道菌群达到平衡状态，从而缓解因胃肠功能紊乱引发的相关肠道不适症状，像腹泻、腹胀等。
缓解腹痛等症状的药物
匹维溴铵：是一种胃肠道选择性钙通道阻滞剂，能缓解胃肠道痉挛引起的疼痛，对胃肠功能紊乱导致的腹痛有一定的缓解作用，且副作用相对较小。曲美布汀：可以调节胃肠运动节律，对胃肠功能紊乱引起的运动功能失调有改善作用，能缓解腹痛、腹胀、腹泻等多种症状。
针对伴有焦虑等情绪因素的药物
黛力新（氟哌噻吨美利曲辛片）：如果胃肠功能紊乱是由焦虑、抑郁等情绪因素引起的，该药物可以通过调节神经递质来改善情绪状态，进而缓解胃肠功能紊乱的相关症状。但使用时需注意，它有一定的禁忌证和不良反应，需在医生指导下谨慎使用。