肠胃功能紊乱可以使用一些调节胃肠动力、改善消化等药物来缓解症状，比如常用的有马来酸曲美布汀片，一般可在短期内改善胃肠功能紊乱带来的不适，但具体效果因个体差异而异。
调节胃肠动力类药物
多潘立酮： 能促进胃肠蠕动，加快胃排空，缓解腹胀、早饱等症状。它主要作用于胃肠壁，可增加食管下部括约肌张力，防止胃-食管反流，一般适用于因胃肠动力不足引起的消化不良等肠胃功能紊乱情况。莫沙必利： 也是促进胃肠动力的药物，通过兴奋胃肠道胆碱能中间神经元及肌间神经丛的5-羟色胺4（5-HT4）受体，促进乙酰胆碱的释放，从而增强胃肠道运动，改善功能性消化不良、胃肠功能紊乱引起的相关症状。
助消化类药物
健胃消食片： 由太子参、陈皮、山药、麦芽（炒）、山楂等组成，具有健胃消食的作用，可用于脾胃虚弱所致的食积，症见不思饮食、嗳腐酸臭、脘腹胀满等肠胃功能紊乱表现。一般没有明显的禁忌人群，但糖尿病患者应在医生指导下服用。复方消化酶胶囊： 含有胃蛋白酶、木瓜酶、淀粉酶、熊去氧胆酸、纤维素酶、胰蛋白酶等多种消化酶，能促进各种食物的消化吸收，用于食欲缺乏、消化不良，包括腹部不适、嗳气、早饱、餐后腹胀、恶心、排气过多、脂肪便等肠胃功能紊乱相关症状。但急性肝炎患者和胆道完全闭锁患者禁用。
调节肠道菌群类药物
双歧杆菌四联活菌片： 含有婴儿双歧杆菌、嗜酸乳杆菌、粪肠球菌、蜡样芽孢杆菌等肠道有益菌，可直接补充正常生理细菌，调整肠道菌群平衡，抑制肠道中对人体具有潜在危害的菌类甚至病原菌。适用于因肠道菌群失调引起的腹泻、便秘、功能性消化不良等肠胃功能紊乱情况。不过，服用时应避免与抗菌药物同时服用。地衣芽孢杆菌活菌胶囊： 以活菌进入肠道后，对葡萄球菌、酵母样菌等致病菌有拮抗作用，而对双歧杆菌、乳酸杆菌、拟杆菌、消化链球菌等有益菌则有促进生长作用，从而调整肠道菌群失调，改善肠胃功能紊乱。对本品过敏者禁用，服用时也应避免与抗菌药物同服。