口腔溃疡的治疗药物需根据具体情况选择，一般局部用药效果较好。例如，常用的含漱剂如氯己定含漱液，可用于抑制口腔细菌，减轻炎症，通常每天使用2 - 3次，每次含漱30秒左右。
局部用药为主
口腔溃疡贴膜： 这类贴膜能直接覆盖在溃疡面上，起到保护创面、缓解疼痛的作用。它可以在溃疡处形成一层保护膜，减少食物等对溃疡的刺激，一般每天可使用3 - 5次。口腔溃疡散： 由多种中药成分组成，具有清热敛疮的功效。使用时将散剂涂抹在溃疡部位，能促进溃疡愈合，但涂抹后短时间内不要进食或饮水，以免影响药效。
辅助全身用药情况
维生素类药物： 当口腔溃疡是由于缺乏维生素引起时，可补充维生素B族等。比如维生素B2，它对维持口腔黏膜的正常代谢有重要作用，但一般建议在医生指导下根据缺乏情况合理补充，正常饮食均衡的人通常不需要额外大量补充。免疫调节剂： 对于反复发作、病情较重的口腔溃疡患者，可能会用到免疫调节剂。如转移因子口服液，它可以调节机体免疫功能，但儿童使用时需谨慎，要在医生评估后根据体重等情况使用。
特殊人群用药注意
儿童患者： 儿童发生口腔溃疡时，局部用药更安全。比如儿童型的口腔溃疡贴膜，相对更适合儿童使用。同时要注意避免儿童吞食药物，使用后要妥善放置药物。孕妇患者： 孕妇出现口腔溃疡时，局部用药是首选。像孕妇可以使用的温和型口腔溃疡贴膜，尽量避免使用全身作用的药物，因为一些药物可能会对胎儿产生影响，用药前需咨询医生。