口腔溃疡的治疗药物有多种，其中局部用药相对更常用且效果较好。比如西瓜霜喷剂，一般使用后能在一定程度上缓解疼痛、促进溃疡愈合，通常用药后1 - 2天能感觉到症状有所改善。
局部外用药物
含漱类药物： 氯己定含漱液是比较常用的，它可以起到杀菌消炎的作用，能减少口腔内的细菌滋生，一般每天含漱2 - 3次，每次含漱10 - 30秒左右。不过儿童使用时要注意，6岁以下儿童不建议使用，因为可能会误吞。贴片类药物： 醋酸地塞米松粘贴片也能用于口腔溃疡的治疗，它可以直接作用在溃疡部位，起到抗炎的效果。使用时将贴片贴在溃疡处，一次一片，一天不超过3片。但孕妇和哺乳期女性要慎用。
促进愈合的药物
重组人表皮生长因子凝胶： 它能促进口腔黏膜上皮细胞的增殖、迁移，加快溃疡面的愈合。使用时取适量凝胶涂抹在溃疡表面，一般每天使用2 - 3次。不过对凝胶过敏的人不能使用。维生素类药物： 维生素B2片可以口服，它有助于维持黏膜的正常代谢。一般成人每天口服3次，每次1 - 2片。但如果是肾功能正常的人，一般通过正常饮食就能获取足够的维生素B2，不需要额外大量补充。
缓解疼痛的药物
利多卡因凝胶： 对于疼痛比较明显的口腔溃疡患者，可以使用利多卡因凝胶来暂时缓解疼痛。它能起到局部麻醉的作用，涂抹在溃疡处后能快速减轻疼痛感觉。不过不能长期或大量使用，而且儿童使用要谨慎，需在成人监护下使用。苯佐卡因凝胶： 同样是起到局部止痛的效果，涂抹后能让溃疡部位的疼痛减轻。使用时也是少量涂抹在溃疡表面，但是对苯佐卡因过敏的人禁止使用。