龟头上有小水泡可能由非感染性原因、生殖器疱疹、龟头炎等引起，治疗方法包括在医生指导下使用药物等。具体如下：
一、非感染性原因：如性生活过于粗暴、用力过度摩擦以及局部清洁不充分等，都可能致使龟头上出现小水泡，通常疼痛不明显，可自行缓解。
二、生殖器疱疹：这是由单纯疱疹病毒引起的一种性传播疾病，往往会有龟头上、阴部或肛周出现小水泡的表现，同时伴有发烧、疼痛、头痛、疲劳等症状。可在医生指导下使用药物治疗，比如：
1.盐酸伐昔洛韦片；
2.阿昔洛韦片；
3.泛昔洛韦片。
三、龟头炎：也常常导致龟头上出现小水泡，甚至有糜烂、渗出和出血现象。可在医生指导下用药，如：
1.盐酸左氧氟沙星胶囊；
2.氟康唑胶囊；
3.伊曲康唑胶囊。
建议在治疗期间注意每日勤清洗生殖器，勤换内裤，避免剧烈运动。要多休息，避免长时间熬夜，防止过度劳累。
总之，龟头上出现小水泡的原因多样，要根据具体情况选择合适的治疗方法，同时注意相关护理。