龟头上有小水泡可能由非感染性原因、生殖器疱疹、龟头炎等引起，相应治疗方法如下。
一、非感染性原因：
性生活过于粗暴、用力过度摩擦以及局部清洁不充分等，都可能导致龟头上出现小水泡。这种情况下，通常疼痛不明显，且多数能够自行缓解。
二、生殖器疱疹：
这是由单纯疱疹病毒引发的一种性传播疾病。患者可能会在龟头上、阴部或肛周处出现小水泡，同时伴有发烧、疼痛、头痛、疲劳等症状。治疗上可在医生指导下使用药物，如盐酸伐昔洛韦片、阿昔洛韦片、泛昔洛韦片等。
三、龟头炎：
也常常会致使龟头上出现小水泡，甚至有糜烂、渗出和出血的现象。可在医生指导下使用盐酸左氧氟沙星胶囊、氟康唑胶囊、伊曲康唑胶囊等药物进行治疗。
建议在治疗期间，每天要认真清洗生殖器，勤换内裤，避免进行剧烈运动。注意多休息，不要长时间熬夜，防止过度劳累。总之，当龟头上出现小水泡时，要及时就医明确原因，并在医生指导下进行针对性治疗和科学护理。