龟头上有小水泡可能由非感染性原因、生殖器疱疹、龟头炎等引起，可在医生指导下用药治疗。以下是具体阐述：
一、非感染性原因：比如性生活过于粗暴、用力摩擦以及局部清洁不充分等，这些情况都可能致使龟头上出现小水泡，不过通常疼痛不太明显，且有可能自行缓解。
二、生殖器疱疹：这是由单纯疱疹病毒引发的一种性传播疾病，往往会在龟头上、阴部或肛周出现小水泡，同时伴有发烧、疼痛、头痛、疲劳等表现。可在医生指导下使用药物治疗，如：
1.盐酸伐昔洛韦片；
2.阿昔洛韦片；
3.泛昔洛韦片。
三、龟头炎：通常也会造成龟头上出现小水泡，甚至有糜烂、渗出和出血现象。可在医生指导下使用如下药物：
1.盐酸左氧氟沙星胶囊；
2.氟康唑胶囊；
3.伊曲康唑胶囊。
建议在治疗期间，每日要勤于清洗生殖器，勤换内裤，避免剧烈运动，要多休息，避免长时间熬夜，防止过度劳累。
总结：龟头上有小水泡的原因多样，不同原因有不同症状和治疗方法，治疗时要遵循医嘱，同时注意做好个人护理。