龟头上有小水泡可能由非感染性原因、生殖器疱疹、龟头炎等引起，治疗方法如下：
一、非感染性原因：
1.性生活粗暴、用力摩擦或局部清洁不足可导致龟头上有小水泡，一般疼痛不明显且可自行缓解。这种情况主要是由于不恰当的性行为或卫生状况不佳所致。
二、生殖器疱疹：
1.这通常是由单纯疱疹病毒引起的一种性传播疾病，会出现龟头上、阴部或肛周有小水泡，并伴有发烧、疼痛、头痛、疲劳等症状。
2.治疗可在医生指导下使用药物，如盐酸伐昔洛韦片、阿昔洛韦片、泛昔洛韦片等。这些药物能有效抑制病毒复制，缓解症状。
三、龟头炎：
1.通常也会造成龟头上出现小水泡，甚至有糜烂、渗出和出血现象。
2.可在医生指导下使用药物，如盐酸左氧氟沙星胶囊、氟康唑胶囊、伊曲康唑胶囊等进行治疗。此类药物能起到抗菌消炎的作用，改善龟头炎症状。
建议在治疗期间注意以下几点：每天认真清洗生殖器，勤换内裤，避免剧烈运动，保证充足休息，不要长时间熬夜，防止过度劳累。总之，当龟头上出现小水泡时，要及时就医，明确原因后采取针对性的治疗措施，并注意做好日常护理。