胚胎停止发育的原因有多种，其中染色体异常是常见因素之一，约占50%~60%的早期胚胎停止发育与胚胎染色体异常有关，比如夫妻双方任何一方染色体存在数目或结构异常，都可能遗传给胚胎导致发育停止。
母体因素影响
内分泌失调： 女性体内的激素水平对胚胎发育至关重要。例如，黄体功能不全时，孕激素分泌不足，无法为胚胎着床和发育提供良好的内分泌环境，约占15%~20%的胚胎停止发育与此相关。甲状腺功能异常也会有影响，甲状腺功能减退或亢进都会干扰胚胎的正常发育进程。子宫异常： 子宫是胚胎着床和生长的场所。子宫畸形，如纵隔子宫、双角子宫等，会使子宫腔形态异常，影响胚胎着床及发育空间；子宫内膜息肉、子宫肌瘤等病变，也可能阻碍胚胎着床或导致血液供应不足，从而引发胚胎停止发育。
免疫因素作用
自身免疫异常： 母体自身免疫系统出现问题时，可能会将胚胎视为“异物”进行攻击。比如抗磷脂抗体综合征，体内存在的抗磷脂抗体可引起胎盘血管血栓形成，影响胎盘血供，导致胚胎停止发育，这类情况约占10%~20%。同种免疫异常： 母体对胚胎的免疫耐受不足，也会造成胚胎停止发育。例如，母体缺乏某些免疫调节因子，不能有效耐受胚胎，使得胚胎被母体免疫系统排斥。
环境因素影响
化学物质接触： 孕妇长期接触一些有毒有害的化学物质，像苯、甲醛等，会增加胚胎停止发育的风险。比如在甲醛超标的环境中工作或生活一段时间后，胚胎发育可能受到不良影响。辐射暴露： 过多接触电离辐射，如在放射科工作没有做好防护，或者频繁接受X线检查等，辐射会损伤胚胎的细胞结构和遗传物质，导致胚胎停止发育。一般来说，接受较高剂量的辐射后，胚胎受影响的几率会明显升高。