胚胎停止发育的原因较多，其中染色体异常是常见因素之一，约50%~60%的早期胚胎停止发育与染色体异常有关，比如夫妻双方任何一方存在染色体数目或结构的异常，都可能遗传给胚胎导致其停止发育。
母体因素
内分泌失调： 女性体内的激素水平对维持妊娠至关重要。例如，黄体功能不全是比较常见的情况，黄体分泌的孕激素不足，就无法为胚胎着床和发育提供良好的环境，据统计，约有20%的胚胎停止发育与黄体功能不全有关。甲状腺功能异常也会有影响，甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌不足，会影响胚胎的生长发育，增加胚胎停止发育的风险。生殖系统异常： 子宫是胚胎着床和发育的场所，如果子宫存在畸形，如单角子宫、双角子宫等，会影响胚胎的正常着床和生长。子宫肌瘤也可能干扰胚胎的发育，尤其是黏膜下子宫肌瘤，它会改变宫腔内的环境，阻碍胚胎的种植和发育。据临床观察，有子宫畸形的女性发生胚胎停止发育的概率比正常女性高。
父亲因素
精子质量问题： 男性精子的染色体异常或精子DNA碎片率过高，都可能影响胚胎的质量。有研究表明，精子染色体异常的男性，其配偶发生胚胎停止发育的几率会增加。当精子DNA碎片率超过一定比例时，如超过30%，胚胎停止发育的可能性明显升高。
环境因素
化学物质接触： 女性在孕期接触一些有害的化学物质，如苯、甲醛等，这些物质可能会损害胚胎的染色体，导致胚胎停止发育。长期处于有辐射的环境中，如接触过量的X射线等，也会增加胚胎停止发育的风险。一般来说，女性在备孕及孕期应尽量避免接触这类有害环境。