胚胎发育停止的原因有多种。据统计，约50%-60%的胚胎发育停止与染色体异常有关，这是最常见的原因之一。
染色体因素
胚胎自身染色体异常： 胚胎在形成过程中，染色体发生数目或结构的异常，比如21-三体综合征等常见的染色体数目异常情况，会导致胚胎无法正常发育，进而停止发育。父母染色体异常遗传： 如果父母双方有一方存在染色体平衡易位等结构异常，有可能遗传给胚胎，影响胚胎正常发育进程，引发胚胎发育停止。
母体因素
内分泌失调： 女性体内的激素水平对胚胎发育至关重要。例如，黄体功能不全时，孕激素分泌不足，不能为胚胎着床和发育提供良好的内分泌环境，约有30%-40%的早期流产与黄体功能不全有关，而这也可能导致胚胎发育停止。甲状腺功能异常也会有影响，甲状腺功能减退或亢进都会干扰胚胎发育所需的激素平衡，增加胚胎发育停止的风险。子宫异常： 子宫是胚胎着床和发育的场所。子宫畸形，如单角子宫、双角子宫等，会使子宫腔形态异常，影响胚胎着床及后续发育；子宫肌瘤如果生长位置不佳，如黏膜下肌瘤，会阻碍胚胎着床，或者影响胎盘血供，导致胚胎发育停止；子宫内膜炎会破坏子宫内膜的容受性，不利于胚胎着床和发育。
免疫因素
自身免疫异常： 母体自身存在抗磷脂抗体综合征等自身免疫性疾病时，体内会产生异常抗体，这些抗体可攻击胎盘滋养细胞，影响胎盘的血液循环，使胚胎得不到充足的营养供应，从而导致胚胎发育停止。同种免疫异常： 母体对胚胎的免疫耐受不足，免疫系统将胚胎视为“异物”进行攻击，也会干扰胚胎的正常发育，引发胚胎发育停止。
外界因素
环境因素： 长期接触过多的放射线，如在放射科工作且防护不当，或者频繁接触化学毒物，像苯、甲醛等，这些外界因素会对胚胎造成损害，增加胚胎发育停止的几率。不良生活习惯： 孕妇长期吸烟、酗酒，烟草中的尼古丁和酒精都会影响胚胎的正常发育，增加胚胎发育停止的风险。比如，每天吸烟超过10支的孕妇，胚胎发育停止的发生率会明显高于不吸烟的孕妇。