胚胎停止发育的原因有多种。据统计，约50%-60%的胚胎停止发育与胚胎染色体异常有关，这是早期胚胎停止发育最常见的原因。
染色体因素：
胚胎自身染色体异常： 受精卵在形成过程中，染色体发生了数目或结构的异常，比如多倍体、单体等情况，使得胚胎无法正常发育，最终导致停止发育。这种情况是随机发生的，没有特定的预防方法，但一旦发生，可能需要通过流产等方式终止妊娠。父母染色体异常： 若父母一方或双方存在染色体结构或数目异常，也可能遗传给胚胎，影响胚胎正常发育。比如平衡易位携带者，其孕育的胚胎染色体异常概率会明显增高。
母体因素：
内分泌失调： 如黄体功能不全，女性体内黄体分泌的孕酮不足，无法维持子宫内膜正常蜕膜化，就不利于胚胎着床和发育，约有20%的胚胎停止发育与黄体功能不全有关。甲状腺功能异常也会有影响，甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌不足，会影响胚胎的生长发育；甲状腺功能亢进时，过高的甲状腺激素水平也可能干扰胚胎正常发育。全身性疾病： 孕妇患有严重的糖尿病未控制好，高血糖环境会影响胚胎发育；感染某些病毒，如风疹病毒、巨细胞病毒等，病毒可通过胎盘感染胚胎，导致胚胎停止发育；患有严重的心脏病、肾病等全身性疾病，使身体机能不能为胚胎提供良好的生长环境，也可能引发胚胎停止发育。
子宫因素：
子宫解剖异常： 子宫畸形，像单角子宫、双角子宫等，子宫腔形态异常，影响胚胎着床和发育空间；子宫内膜息肉会占据宫腔内空间，干扰胚胎着床；宫腔粘连会使子宫内膜受损，容受性降低，不利于胚胎种植。据相关研究，子宫解剖异常导致胚胎停止发育的比例约为10%-15%。子宫肌瘤： 较大的黏膜下子宫肌瘤会影响宫腔内环境，阻碍胚胎发育；肌壁间子宫肌瘤过大时，可能压迫宫腔，影响子宫血液循环，进而影响胚胎营养供应。
免疫因素：
自身免疫异常： 孕妇体内存在抗磷脂抗体等自身抗体，会影响胎盘血管的血流，导致胎盘缺血缺氧，影响胚胎发育。比如抗磷脂综合征患者，发生胚胎停止发育的风险较高。同种免疫异常： 母体对胚胎免疫耐受不足，母体免疫系统将胚胎视为“异物”进行攻击，从而导致胚胎停止发育。这种情况在反复发生胚胎停止发育的患者中较为常见。