慢性疲劳综合征主要表现为长期极度疲劳，这种疲劳持续至少6个月以上。
身体方面的表现
持续疲劳： 患者会感到全身乏力，即使经过充分休息也难以缓解，这种疲劳感会严重影响日常生活和工作，比如无法像往常一样进行轻度的体力活动，如简单的家务劳动等。肌肉疼痛： 全身肌肉可能会出现疼痛，尤其在颈部、肩部、腰部等部位较为常见，疼痛程度因人而异，有的患者只是轻微酸痛，有的则疼痛较为剧烈，影响身体的活动范围。
神经系统相关表现
睡眠障碍： 很多慢性疲劳综合征患者会有睡眠问题，可能出现入睡困难、睡眠浅、易惊醒等情况，长期睡眠不足又会进一步加重疲劳感，形成恶性循环。记忆力减退和注意力不集中： 患者会发现自己很难集中精力去思考问题，记忆力也大不如前，比如经常忘记刚刚发生的事情，在工作或学习中难以高效完成任务。
免疫系统相关表现
容易感染： 由于免疫系统功能受到影响，患者比正常人更容易受到病菌的侵袭，频繁出现感冒、呼吸道感染等情况，而且患病后恢复的时间也可能比常人要长。淋巴结肿大： 部分患者可能会出现颈部、腋窝等部位的淋巴结肿大，触摸时能感觉到有小的肿块，但一般不会有明显的疼痛。
其他方面表现
情绪问题： 患者常常伴有情绪方面的改变，比如焦虑、抑郁等情绪较为常见。可能会无缘无故地感到心情低落、对很多事情失去兴趣，或者容易因为小事而烦躁不安。消化系统症状： 还可能出现消化系统的不适，像食欲不振、腹胀、腹泻或便秘等情况，这些症状也会影响患者的营养摄入和身体状态。