慢性疲劳综合征主要表现为长期极度疲劳，这种疲劳通常持续6个月及以上。
身体方面的表现
体能方面： 患者会感觉全身乏力，即使稍微活动一下就会明显感觉劳累，比如爬几层楼梯就气喘吁吁，日常的洗漱、穿衣等简单活动都可能让身体不堪重负。肌肉骨骼方面： 常出现肌肉疼痛，全身多处肌肉都可能受累，像颈部、肩部、腰部等部位的肌肉容易酸痛，还可能有关节疼痛，这种关节疼痛一般没有红肿等炎症表现，但会影响关节的活动灵活性。
神经系统方面的表现
认知功能： 会出现记忆力减退的情况，比如经常忘记刚刚发生的事情、刚看过的东西等。还可能有注意力不集中的问题，很难长时间专注于一件事情，像阅读文章时容易走神。睡眠方面： 睡眠质量差，可能入睡困难，或者睡眠浅，容易惊醒，即使睡了较长时间，醒来后依然感觉没有休息好，还是很疲惫。
其他系统方面的表现
消化系统： 可能有食欲减退的现象，不想吃东西，或者吃一点就觉得饱了。还可能出现消化不良，表现为腹胀、腹痛、便秘或腹泻等症状。免疫系统： 身体的免疫力会下降，容易反复感冒，比正常人更容易受到病毒、细菌等病原体的侵袭，而且患病后恢复的时间也可能比正常人长。