孕五十天有褐色分泌物可能由受精卵着床、先兆流产、异位妊娠等原因导致，具体如下：
一、受精卵着床：怀孕初期，受精卵着床后会在宫腔逐渐增大，在此过程中可能有出血现象，从而出现孕五十天有褐色分泌物的情况。这通常是正常的生理现象，一般无需特殊治疗，孕妇注意休息和观察即可。
二、先兆流产：
1.可能表现为孕五十天有褐色分泌物，且容易导致阴道流血。
2.孕妇可在医生指导下使用药物进行治疗，如炔诺孕酮片、地屈孕酮片等。若情况严重，必要时需及时终止妊娠。
三、异位妊娠：
1.指受精卵在子宫腔外着床发育的异常妊娠过程，主要症状有孕五十天有褐色分泌物、阴道流血、停经等。
2.孕妇需要进行血HCG检查、医学超声检查等以明确诊断。一旦确诊为异位妊娠，可采用输卵管切开术、腹腔镜手术等手术方式进行治疗。
总之，当孕五十天出现褐色分泌物时，孕妇应及时就医，通过相关检查明确原因，并在医生的指导下采取合适的处理措施。