怀孕50天有褐色分泌物可能是以下原因导致的：
1.先兆流产：怀孕50天时，褐色分泌物可能是先兆流产的迹象。先兆流产主要与胚胎染色体异常、孕妇内分泌异常、免疫功能异常、子宫畸形等有关。此外，孕妇在孕期过度劳累、压力过大、长期接触有害物质等，也可能导致先兆流产。如果出现褐色分泌物，建议及时就医，进行超声检查、血HCG和孕酮检测等，以明确诊断。如果确诊为先兆流产，需要卧床休息，同时在医生的指导下进行保胎治疗，如使用黄体酮、地屈孕酮等孕激素。
2.异位妊娠：异位妊娠也称宫外孕，是指受精卵在子宫体腔以外的部位着床。怀孕50天时，褐色分泌物也可能是异位妊娠的表现。异位妊娠时，受精卵会在输卵管、卵巢、腹腔等部位着床，随着受精卵的发育，会导致输卵管破裂、腹腔内出血等严重后果。因此，如果出现褐色分泌物，同时伴有腹痛、恶心、呕吐等症状，应高度怀疑异位妊娠的可能，需要及时就医，进行超声检查、血HCG检测等，以明确诊断。一旦确诊为异位妊娠，应立即进行治疗，治疗方法包括药物治疗和手术治疗，具体治疗方法应根据患者的病情而定。
3.葡萄胎：葡萄胎是一种良性滋养细胞疾病，与妊娠相关。怀孕50天时，褐色分泌物也可能是葡萄胎的表现。葡萄胎的发生与营养状况、年龄、内分泌失调、孕卵缺损等因素有关。葡萄胎患者的子宫大于停经月份，质软，血清HCG水平异常升高。如果出现褐色分泌物，同时伴有子宫增大、血清HCG水平异常升高等症状，应高度怀疑葡萄胎的可能，需要及时就医，进行超声检查、血HCG检测等，以明确诊断。一旦确诊为葡萄胎，应立即进行清宫治疗，术后需要定期复查血HCG水平，直至恢复正常。
4.宫颈息肉：宫颈息肉是宫颈管黏膜局部增生，形成的赘生物。怀孕50天时，褐色分泌物也可能是宫颈息肉的表现。宫颈息肉通常没有明显的症状，少数患者可能会出现白带增多、性生活出血等症状。如果出现褐色分泌物，同时伴有白带增多、性生活出血等症状，应考虑宫颈息肉的可能，需要及时就医，进行妇科检查、宫颈涂片等，以明确诊断。如果确诊为宫颈息肉，需要在医生的指导下进行息肉摘除术，并送病理检查。
5.其他：除了上述原因外，怀孕50天有褐色分泌物还可能与阴道炎、宫颈炎、子宫肌瘤等疾病有关。
总之，怀孕50天有褐色分泌物可能是一种异常情况，需要引起重视。建议及时就医，进行相关检查，以明确诊断，并采取相应的治疗措施。同时，孕妇在孕期应注意休息，避免劳累和剧烈运动，保持心情舒畅，加强营养，按时进行产前检查。