孕五十天有褐色分泌物的原因包括受精卵着床、先兆流产、异位妊娠等，具体如下：
一、受精卵着床：怀孕早期受精卵着床于宫腔后会逐渐增大，这期间可能有出血现象，从而出现孕五十天有褐色分泌物的表现，这通常是正常情况，一般无需特殊处理。在受精卵着床过程中，滋养层细胞会逐渐侵入子宫内膜、肌层及血管，与母体建立血液循环，这个过程可能会引起少量出血，表现为褐色分泌物。
二、先兆流产：孕五十天有褐色分泌物可能是由先兆流产导致的，还常伴有阴道流血等情况。孕妇可在医生指导下使用药物进行治疗，如炔诺孕酮片、地屈孕酮片等，若情况严重必要时需及时终止妊娠。当孕妇体内孕酮水平不足或存在其他不利于胚胎发育的因素时，可能会引发子宫收缩，导致部分胎膜与子宫壁剥离，引起出血，血液在宫腔内停留一段时间后排出，就可能呈现褐色分泌物。
三、异位妊娠：异位妊娠即受精卵在子宫腔外着床发育的异常妊娠过程，常出现孕五十天有褐色分泌物、阴道流血、停经等症状。孕妇需要进行血HCG检查、医学超声检查等以明确诊断，确诊后可根据具体情况采用输卵管切开术、腹腔镜手术等手术方式进行治疗。如果受精卵在输卵管等部位着床，随着胚胎的发育，可能会导致着床部位破裂出血，血液流出后可能表现为褐色分泌物。
总之，当孕五十天出现褐色分泌物时，应及时就医，通过相关检查明确原因，并在医生的指导下采取合适的处理措施。