孕五十天有褐色分泌物可能由受精卵着床、先兆流产、异位妊娠等原因导致，具体如下：
一、受精卵着床：怀孕早期受精卵着床后，会在宫腔内逐渐发育长大，这期间可能会有出血现象，从而出现孕五十天有褐色分泌物的情况。这种通常属于正常生理现象，一般无需特殊处理，孕妇注意休息、保持良好心态和观察即可。
二、先兆流产：这可能引起孕五十天有褐色分泌物，且容易伴随阴道流血等症状。此时孕妇可在医生指导下使用药物如炔诺孕酮片、地屈孕酮片等进行治疗。但若情况严重，经评估后必要时需及时终止妊娠。对于先兆流产，孕妇要注意尽量卧床休息，避免剧烈运动和劳累。
三、异位妊娠：即受精卵在子宫腔外着床发育的异常妊娠过程，常表现为孕五十天有褐色分泌物、阴道流血以及停经等。孕妇需要进行血HCG检查、医学超声检查等来明确。一旦确诊为异位妊娠，可根据具体情况采用如输卵管切开术、腹腔镜手术等手术方式进行治疗。
总之，当孕五十天出现褐色分泌物时，孕妇应及时就医，通过相关检查明确原因，并在医生的指导下采取合适的处理措施。