腔隙性脑梗塞的治疗药物需根据具体病情选择，一般常用的有抗血小板聚集药物，像阿司匹林，通常小剂量使用即可起到预防血栓形成的作用，能降低腔隙性脑梗塞复发的风险。
抗血小板聚集药物
阿司匹林： 通过抑制血小板的环氧化酶，减少血栓素A2的生成，从而抑制血小板聚集。一般推荐小剂量长期服用。氯吡格雷： 也是抗血小板聚集的药物，对于不能耐受阿司匹林的患者可以考虑使用，它通过选择性地抑制二磷酸腺苷（ADP）与血小板受体的结合，进而抑制血小板的聚集。
改善脑循环药物
丁苯酞： 可以改善脑缺血区的微循环和血流量，促进脑梗死灶的修复，对改善腔隙性脑梗塞患者的神经功能缺损有一定帮助。银杏叶制剂： 具有扩张脑血管、增加脑血流量的作用，能改善脑部血液循环，辅助治疗腔隙性脑梗塞。
控制基础疾病药物
降压药： 如果患者有高血压，需要服用降压药物将血压控制在合适范围，比如氨氯地平，能通过扩张血管起到降压作用，将血压控制在140/90mmHg以下，有利于减少腔隙性脑梗塞的复发风险。降糖药： 对于合并糖尿病的患者，需使用降糖药物控制血糖，如二甲双胍，它可以增加外周组织对葡萄糖的摄取和利用，改善胰岛素抵抗，使血糖控制在合理水平，降低糖尿病对脑血管的不良影响。降脂药： 有他汀类药物，像阿托伐他汀，能降低血脂，稳定斑块，防止斑块脱落形成血栓，对于有高脂血症的腔隙性脑梗塞患者非常重要，一般需要将低密度脂蛋白胆固醇控制在1.8mmol/L以下。