口腔溃疡常用的有效药物有局部用药和全身用药等。一般来说，局部使用西瓜霜喷剂等，通常几天内可缓解症状。
局部外用药
含漱类药物：常用的有氯己定含漱液，它能杀菌消炎，帮助减轻口腔溃疡部位的炎症，一般每天含漱数次，每次含漱一定时间，比如每次含漱30秒左右。涂抹类药物：像冰硼散，直接涂抹在溃疡面上，能起到消肿止痛、促进溃疡愈合的作用。还有锡类散，同样是涂抹在溃疡处，对口腔溃疡有一定的治疗效果。
促进愈合类药物
重组人表皮生长因子凝胶：它可以促进口腔黏膜上皮细胞的增殖、迁移，加速溃疡创面的愈合。一般是清洁口腔后，取适量凝胶涂抹于溃疡部位，每天使用几次。维生素类药物：维生素B₂片可以口服，也可以将维生素B₂片研成粉末，涂抹在溃疡处，能辅助口腔溃疡的愈合，因为维生素B₂参与体内的代谢过程，对维持黏膜健康有帮助。
止痛类药物
利多卡因凝胶：这是一种局部麻醉剂，对于疼痛比较明显的口腔溃疡患者，涂抹后能快速起到止痛的效果，但不能频繁使用，以免产生依赖。比如在进食前涂抹少许，缓解进食时的疼痛。苯佐卡因凝胶：也有较好的止痛作用，同样是在溃疡疼痛时涂抹，不过使用时要注意按照正确的方法和剂量来使用。
全身用药
免疫调节类药物：如果是反复发生的重型口腔溃疡，可能会用到免疫调节药物，比如转移因子口服液，它可以调节机体的免疫功能，帮助提高机体抵抗力，减少口腔溃疡的复发频率，但这类药物需要在医生的指导下使用，因为它有一定的适应证和禁忌证。补充微量元素类药物：当口腔溃疡是由于缺乏微量元素锌、铁等引起时，可以补充相应的微量元素制剂，像葡萄糖酸锌口服液等，补充后有助于改善机体的营养状况，促进口腔溃疡的愈合。不过具体的用药要根据个人的具体情况，在医生的诊断和指导下进行选择。