小儿口腔溃疡可以使用局部用药来缓解症状，一般来说，康复新液含漱是比较常用的方法，通常使用后1~2天能看到一定效果。
局部外用药物
口腔溃疡散： 这是一种常见的外用药物，主要成分有青黛、白矾、冰片等，具有清热敛疮的作用。用药时可以用消毒棉签蘸取少量涂抹在溃疡面上，能起到一定的止痛、促进溃疡愈合的效果。但要注意，涂抹时动作要轻柔，避免刺激到小儿。西瓜霜喷剂： 它的主要成分是西瓜霜、硼砂（煅）、黄柏、黄连、山豆根等，有清热解毒、消肿止痛的功效。将喷剂喷于溃疡处，能缓解口腔溃疡带来的疼痛，促进溃疡部位恢复。不过小儿使用时可能会有不适感，要尽量安抚小儿配合。
促进愈合的药物
重组人表皮生长因子凝胶： 能促进皮肤与黏膜创面的愈合。把凝胶涂于溃疡表面，可加速口腔溃疡创面的修复。但小儿使用时要注意避免误吞，使用后要及时洗手。一般来说，连续使用几天能看到溃疡明显好转。康复新液： 它可以通利血脉，养阴生肌。用康复新液含漱，能减轻口腔溃疡的疼痛，促进溃疡面的愈合。含漱时让小儿仰头，使药液充分接触口腔溃疡部位，每次含漱时间大概2~3分钟，每天可以使用多次。
补充维生素类药物
维生素B2片： 如果小儿口腔溃疡是由于缺乏维生素B2引起的，适当补充维生素B2可能有帮助。但要注意，应在医生指导下使用，因为小儿的用量有严格要求。维生素B2可以参与体内生物氧化与能量代谢等过程，对维持黏膜的正常功能有一定作用。不过不能自行随意给小儿大量服用维生素B2，以免引起不良反应。