怀孕三个月肚子疼的原因包括以下几种。
一、正常生理反应：在怀孕过程中，因为胎儿会不断增大，这就可能对腹部以及宫腔形成一定的刺激，从而容易出现怀孕三个月肚子疼的现象。
二、急性肠胃炎：有些孕妇在怀孕期间如果没有注意个人饮食，比如食用了辛辣刺激性食物或不干净的食物，那么就可能诱发急性肠胃炎，进而出现肚子疼的症状。
三、先兆流产：倘若胎儿发育不稳定，出现先兆流产情况时，可能会引发较为明显的肚子疼症状，同时往往还会伴有阴道流血等表现。
总结：怀孕三个月肚子疼的原因多样，有正常的生理现象，也可能是某些疾病导致，需要仔细甄别，必要时采取相应措施。