怀孕三个月时肚子疼，可能是以下原因引起。
1.子宫增大：怀孕后，子宫会逐渐增大，以适应胎儿的生长。在这个过程中，子宫可能会出现间歇性的收缩，引起肚子疼，但通常这种疼痛是轻微的，并且可以忍受。
2.韧带拉伸：随着子宫的增大，子宫圆韧带被牵拉，可能会引起肚子疼。这种疼痛通常位于下腹部子宫一侧或双侧，呈牵涉痛、钝痛或隐痛，走较远的路或者变换体位时，疼痛会更加明显。
3.其他原因：
先兆流产：如果肚子疼同时伴有阴道出血，可能是先兆流产的迹象，需要及时就医。
宫外孕：如果受精卵着床在子宫以外的地方，如输卵管，就可能导致宫外孕。宫外孕可能会引起肚子疼和阴道出血，需要及时诊断和治疗。
消化系统问题：例如胃炎、胃溃疡、肠痉挛等，也可能导致肚子疼。
其他疾病：如阑尾炎、胆囊炎等，也可能引起腹部疼痛。
如果怀孕三个月时肚子疼持续不缓解，或伴有其他症状，如阴道出血、发热等，应及时就医，进行详细的检查，以确定疼痛的原因，并采取相应的治疗措施。同时，在怀孕期间，应注意休息，避免剧烈运动和过度劳累，保持良好的心态，合理饮食，如有任何不适，应及时就医。