真菌感染的表现多样，不同部位的真菌感染有不同特点。比如皮肤真菌感染，常见的体癣，会出现环形或多环形的红斑，边缘有丘疹、水疱，伴有瘙痒，好发于面、颈、躯干和四肢等部位。
皮肤真菌感染表现
皮肤红斑丘疹： 像手足癣，手部可能出现水疱、脱屑、皮肤粗糙增厚；足部常见趾间糜烂、水疱、角化过度等，瘙痒较为明显，尤其在潮湿环境下可能加重。指甲真菌感染： 甲真菌病会让指甲变色、增厚、变形，指甲可能变得浑浊、失去光泽，严重时指甲与甲床分离。
呼吸道真菌感染表现
肺部真菌感染： 轻症可能没有明显症状，中重症时会出现咳嗽、咳痰，痰可为白色黏液痰或脓性痰，有的患者还会伴有发热，体温可在38℃左右，严重的可能出现呼吸困难等症状。比如侵袭性肺曲霉病，患者除了呼吸道症状外，还可能有咯血等表现。
消化道真菌感染表现
口腔真菌感染： 鹅口疮是常见的口腔真菌感染，多见于婴幼儿、老年人或免疫力低下者，口腔黏膜上会出现白色斑膜，不易擦去，强行擦去后局部会有潮红、糜烂。胃肠道真菌感染： 可能出现腹痛、腹泻等症状，腹泻可为稀水样便，严重时会影响营养吸收，导致体重下降等情况。
全身性真菌感染表现
播散性真菌感染： 当真菌扩散到全身时，会引起发热，体温持续升高，可超过38.5℃，还可能出现多个器官受累的表现，如肝脾肿大、意识障碍等。这种情况在免疫力极度低下的人群中更易发生，比如长期使用大剂量免疫抑制剂的患者。