真菌感染的表现因感染部位不同而有所差异。比如皮肤真菌感染较为常见，约有超过半数的皮肤疾病可能与真菌感染相关。
皮肤真菌感染表现
皮肤红斑丘疹： 当皮肤受到真菌感染时，常常会出现红斑、丘疹等症状。例如足癣，最初可能表现为脚趾间皮肤出现红斑，伴有脱屑，随后可能会发展为水疱、糜烂等情况。皮肤瘙痒： 真菌感染引起的皮肤问题往往会伴随明显的瘙痒感，患者会不自觉地搔抓，这可能会进一步加重皮肤损伤，导致感染扩散等情况。像体癣患者，皮肤损害边缘会有隆起的红斑，伴有剧烈瘙痒。
深部真菌感染表现（呼吸道为例）
咳嗽咳痰： 肺部真菌感染时，患者可能会出现咳嗽、咳痰的症状，痰液的性状可能因感染程度和真菌种类不同而有所差异。比如念珠菌肺部感染，可能会咳出白色黏液痰，有时痰中可能带有血丝。发热： 部分深部真菌感染患者会出现发热症状，体温可能会持续在38℃左右，而且发热一般比较顽固，使用普通的抗感染药物可能效果不佳。
黏膜真菌感染表现（口腔为例）
口腔白斑或溃疡： 口腔真菌感染常见于念珠菌感染，会出现口腔黏膜白斑，或者形成溃疡。例如鹅口疮，多见于婴幼儿，口腔黏膜上会有白色的乳凝块状物，不易擦去，强行擦去后局部会有潮红、糜烂等表现。疼痛不适： 口腔真菌感染会导致患者口腔疼痛，影响进食和说话。患者会感觉口腔黏膜有灼热感、疼痛感，尤其是在进食辛辣、刺激性食物时，疼痛会加剧。