直肠黏膜内脱垂的治疗方法需根据病情严重程度等因素来定。一般来说，轻度的直肠黏膜内脱垂可以通过非手术治疗来改善，而重度的可能需要手术治疗。
非手术治疗为主的情况
一般治疗：
饮食调整： 要多吃富含膳食纤维的食物，像全麦面包、蔬菜、水果等，每天保证摄入足够的膳食纤维，一般建议成人每天摄入25~30克左右的膳食纤维，这样能促进肠道蠕动，防止便秘，因为便秘是导致直肠黏膜内脱垂加重的一个常见因素。排便习惯养成： 要养成良好的排便习惯，避免长时间蹲厕，尽量控制排便时间在5分钟以内，不要在排便时看书、玩手机等分散注意力。
药物辅助治疗：
中药治疗： 一些具有补气升提作用的中药可能会有一定帮助，比如补中益气汤加减等，但具体用药需要在中医医师的辨证指导下进行，因为中药的使用需要根据个体的体质等情况来调配。局部用药： 可以使用一些直肠黏膜保护剂，比如复方角菜酸酯栓等，能在一定程度上保护直肠黏膜，减轻局部的刺激症状。
手术治疗的情况
经肛门手术：
直肠黏膜环切术： 适用于轻度的直肠黏膜内脱垂患者。手术是通过肛门将脱垂的直肠黏膜切除一部分，然后进行吻合，从而改善脱垂情况。这种手术创伤相对较小，恢复相对较快。PPH术（吻合器痔上黏膜环切术）： 对于直肠黏膜内脱垂也有一定的治疗效果。它是利用吻合器环形切除直肠下端的部分黏膜和黏膜下组织，同时进行吻合，起到向上悬吊直肠黏膜的作用。
经腹手术：
直肠固定术： 对于较为严重的直肠黏膜内脱垂患者，可能需要进行经腹的直肠固定术。这种手术是将直肠固定在周围的组织上，以防止其再次脱垂。手术相对复杂一些，恢复时间可能会稍长，但对于重度的直肠黏膜内脱垂治疗效果较为确切。不过经腹手术创伤相对经肛门手术要大一些。