直肠黏膜内脱垂的治疗需根据病情严重程度等因素综合选择，一般轻度的直肠黏膜内脱垂可以通过非手术治疗来改善，而重度的可能需要手术治疗。
非手术治疗为主
一般治疗：
饮食调整： 要多吃富含膳食纤维的食物，像蔬菜、水果等，一般建议每天摄入膳食纤维25~35克左右，这样能保持大便通畅，减少便秘对直肠黏膜内脱垂的影响。比如每天吃300克左右的绿叶蔬菜，再搭配1~2个苹果。排便习惯养成： 要养成良好的排便习惯，避免长时间蹲厕所，尽量控制排便时间在5分钟以内。
药物治疗辅助：
外用药物： 可以使用一些具有收敛、保护作用的栓剂，比如复方角菜酸酯栓，能起到一定的局部保护作用，减轻直肠黏膜的刺激。中药调理： 一些中药方剂可能对直肠黏膜内脱垂有一定的调理作用，不过需要在专业中医的指导下使用，比如补中益气汤加减等方剂，有补气升提的作用，但具体用药需遵循中医辨证论治。
手术治疗情况
手术方式选择：
注射治疗： 对于轻度的直肠黏膜内脱垂，可以采用直肠黏膜下注射疗法。一般是将硬化剂注射到直肠黏膜下层，使黏膜与肌层粘连固定。这种方法相对创伤较小，术后恢复较快。吻合器痔上黏膜环切术（PPH）： 对于中度及以上的直肠黏膜内脱垂，PPH手术有一定的疗效。它是利用吻合器环行切除直肠下端的黏膜脱垂带，同时进行吻合，起到悬吊固定直肠黏膜的作用。
手术注意事项：
手术治疗后要注意休息，避免剧烈运动。一般术后需要住院观察1~2天，术后要保持肛门局部清洁，按照医生的要求进行换药等处理。同时，术后也要注意饮食和排便习惯的调整，防止复发。