直肠黏膜脱垂的治疗需根据病情程度选择不同方法，一般来说，轻度直肠黏膜脱垂可通过非手术治疗改善，中重度可能需要手术干预。
非手术治疗为主的情况
一般治疗：
儿童患者：对于幼儿直肠黏膜脱垂，多数可在5岁前自愈，这期间要注意缩短排便时间，一般控制在5分钟内，养成良好的排便习惯。排便调节：成人轻度脱垂也可通过调整排便方式来缓解，比如每天定时排便，避免久蹲厕所，排便时不要用力过猛。同时，要多吃富含膳食纤维的食物，像蔬菜、水果等，保持大便通畅，每天膳食纤维摄入量可保持在25~35克左右。
药物辅助治疗
中药坐浴：
常用中药：可选用五倍子、苦参、黄柏等中药进行坐浴，这些中药有清热燥湿、消肿收敛的作用。一般将中药煎水后，温度适宜时坐浴，每次15~20分钟，每天1~2次。
硬化剂注射：
适用情况：对于部分轻度直肠黏膜脱垂患者，可采用硬化剂注射治疗。常用的硬化剂有5%石炭酸植物油等，通过将硬化剂注射到直肠黏膜下，使黏膜与肌层粘连固定。但注射时要注意剂量和部位，避免出现并发症。
手术治疗情况
吻合器痔上黏膜环切术（PPH）：
适用人群：适用于Ⅱ~Ⅲ度直肠黏膜脱垂患者。该手术是利用吻合器环行切除直肠黏膜脱垂带，同时进行吻合，使脱垂的黏膜向上悬吊固定。手术创伤相对较小，恢复较快，但也有一定的复发风险，约在5%左右。
直肠黏膜折叠术：
手术原理：将直肠黏膜做多层折叠，缩短松弛的黏膜下层，加强直肠壁的支持力量。适用于成年人不完全性直肠黏膜脱垂。手术操作有一定的技巧性，需要准确折叠黏膜层，以达到良好的治疗效果。