直肠黏膜内脱垂可通过一般治疗、药物治疗、手术治疗等方式处理。一般来说，轻度直肠黏膜内脱垂可先尝试保守治疗。
一般治疗方法
饮食调整： 要多吃富含膳食纤维的食物，像蔬菜（如芹菜、菠菜等）、水果（如香蕉、苹果等），每天膳食纤维摄入量建议保持在25~35克左右，这样能保持大便通畅，避免因便秘加重脱垂情况。生活习惯改变： 避免长时间蹲厕所，排便时间尽量控制在5分钟以内。另外，可进行提肛运动，每天早晚各做一次，每次做10~15分钟，通过收缩肛门，增强肛门括约肌的力量。
药物治疗情况
局部用药： 可以使用一些栓剂，比如含有熊胆粉等成分的栓剂，能起到一定的消肿、收敛作用，缓解因直肠黏膜内脱垂带来的局部不适症状。不过使用栓剂时要注意正确的用药方法，避免损伤直肠黏膜。口服药物： 对于伴有便秘的患者，可适当服用一些缓泻剂，如乳果糖口服溶液等，帮助软化大便，减轻排便时的阻力，但不建议长期依赖缓泻剂。不过使用药物时需在医生指导下进行，因为不同药物有不同的适应证和禁忌证。
手术治疗方式
经肛门手术： 若病情较重，一般脱垂长度超过4厘米，且保守治疗效果不佳时可考虑手术。常见的经肛门手术有直肠黏膜环切钉合术等，这种手术创伤相对较小，恢复相对较快。但手术也有一定风险，比如可能会出现出血、感染等并发症。经腹手术： 对于一些复杂情况的直肠黏膜内脱垂，可能需要经腹手术，不过经腹手术创伤较大，恢复时间相对较长，适应证相对较严格，会根据患者具体病情来选择是否采用经腹手术方式。