扁桃体发炎主要是由病原微生物感染引起的，其中最常见的是A组乙型溶血性链球菌，约占扁桃体炎致病原的10%~30%。此外，病毒也是引发扁桃体发炎的重要因素，像EB病毒、鼻病毒等都可能导致，不过病毒引起的扁桃体发炎通常症状相对较轻。
感染源方面的原因
细菌感染： 除了A组乙型溶血性链球菌，葡萄球菌、肺炎链球菌等也可能引发扁桃体发炎。比如金黄色葡萄球菌，它可以通过空气飞沫、直接接触等途径侵入人体扁桃体，从而引发炎症反应。病毒感染： 除了前面提到的EB病毒、鼻病毒，流感病毒也容易导致扁桃体发炎。当人体免疫力下降时，流感病毒就容易侵犯扁桃体，引起扁桃体红肿、疼痛等发炎症状。
自身身体状况因素
免疫力低下： 当人体过度疲劳、营养不良、患有慢性疾病等情况时，免疫力会下降，这时候就更容易受到病原微生物的侵袭，引发扁桃体发炎。例如，长期营养不良的人，身体缺乏必要的营养物质来维持正常的免疫功能，扁桃体就更容易发炎。呼吸道防御功能减弱： 鼻腔、鼻窦等部位的疾病会影响呼吸道的防御功能，使得病原微生物更容易到达扁桃体并引发炎症。比如，鼻窦炎患者，鼻腔分泌物增多且引流不畅，容易导致细菌滋生，进而波及扁桃体引发发炎。
环境因素影响
气候因素： 气温突变、寒冷刺激等气候因素可能会使人体呼吸道局部的抵抗力降低，从而增加扁桃体发炎的风险。在季节交替时，气温变化较大，如果没有及时增减衣物，就容易因寒冷刺激导致扁桃体发炎。环境污染： 长期处于空气污染严重的环境中，空气中的有害颗粒、化学物质等会刺激扁桃体，损伤扁桃体的黏膜，使扁桃体容易受到病原微生物的感染而发炎。比如在工业污染较为严重的地区，居民患扁桃体发炎的几率可能相对较高。