扁桃体发炎红肿主要是由病原微生物感染引起，其中A组乙型溶血性链球菌是较为常见的致病菌。一般来说，当人体抵抗力下降时，如过度劳累、受凉等情况后，容易受到这些病菌侵袭而引发扁桃体发炎红肿。
感染因素导致
细菌感染： 最常见的是乙型溶血性链球菌，此外，葡萄球菌、肺炎链球菌等也可引起。这些细菌通常存在于人的口腔及扁桃体隐窝内，当人体抵抗力降低时，细菌大量繁殖，侵入扁桃体实质而引发炎症，导致扁桃体红肿。比如在学校、家庭等人群密集场所，细菌容易传播，儿童等抵抗力相对较弱的人群就较易被感染而出现扁桃体发炎红肿。病毒感染： 病毒感染也较为多见，像腺病毒、鼻病毒、单纯疱疹病毒等都可导致扁桃体发炎红肿。病毒感染往往起病较急，初期可能先有上呼吸道感染的症状，随后出现扁桃体红肿、疼痛等表现。例如在流感流行季节，感染流感病毒后就可能并发扁桃体炎，出现红肿情况。
免疫力相关因素
自身免疫力低下： 当人体自身免疫力较差时，比如长期营养不良、过度劳累、睡眠不足等，会使身体抵御病原体的能力下降，从而更容易让病原体侵犯扁桃体，引发发炎红肿。青少年时期如果经常熬夜、缺乏运动，就可能因自身免疫力低下而反复出现扁桃体发炎红肿的情况。免疫力不稳定阶段： 儿童时期免疫系统尚在发育中，相对不够成熟，免疫力不稳定，所以更容易发生扁桃体发炎红肿。而老年人随着年龄增长，免疫力也会逐渐衰退，同样容易受到病原体侵袭出现扁桃体炎症。
邻近器官疾病波及
咽炎蔓延： 咽部与扁桃体相邻，若咽部发生炎症，如咽炎，炎症可能蔓延至扁桃体，引起扁桃体发炎红肿。比如急性咽炎没有得到及时有效的治疗，炎症扩散到扁桃体，就会导致扁桃体也出现红肿、疼痛等症状。鼻炎、鼻窦炎影响： 鼻腔及鼻窦与扁桃体部位的解剖位置相近，当患有鼻炎、鼻窦炎时，鼻腔内的炎症分泌物可能倒流至扁桃体隐窝，长期刺激扁桃体，引发扁桃体发炎红肿。例如患有慢性鼻窦炎的患者，由于鼻腔分泌物持续刺激扁桃体，就容易反复出现扁桃体红肿发炎的情况。