扁桃体发炎主要是由病原微生物感染引起的，其中最常见的是A组乙型溶血性链球菌，约占扁桃体炎病因的10%~30%。此外，病毒也是引发扁桃体发炎的重要因素，像鼻病毒、腺病毒等病毒感染，能占到扁桃体炎病因的40%~60%。
感染因素导致
细菌感染： 除了A组乙型溶血性链球菌，葡萄球菌、肺炎链球菌等细菌也可能引发扁桃体发炎。比如金黄色葡萄球菌感染，就可能让扁桃体出现红肿、疼痛等发炎症状。病毒感染： 除了鼻病毒、腺病毒，EB病毒感染也会导致扁桃体发炎，感染EB病毒后，扁桃体往往会肿大，还可能伴有发热等症状。
免疫力因素导致
儿童免疫力低： 儿童的免疫系统还没发育完全，相对成人更容易受到病原体侵袭，从而引发扁桃体发炎。比如3~10岁的儿童，扁桃体炎的发病率就比较高。免疫力低下人群： 长期疲劳、营养不良、患有慢性疾病等导致免疫力低下的人，容易被病原体趁虚而入，引发扁桃体发炎。像艾滋病患者，由于自身免疫力严重受损，就很容易反复出现扁桃体发炎的情况。
环境因素导致
季节变化： 在季节交替的时候，气温变化较大，人体容易受凉，抵抗力下降，从而增加扁桃体发炎的风险。比如在秋冬季节交替时，扁桃体发炎的就诊人数会明显增多。空气污染： 长期处于污染严重的环境中，空气中的有害颗粒、病菌等会刺激扁桃体，容易引发扁桃体发炎。例如在工业污染严重的地区，居民扁桃体发炎的发生率可能会高于其他地区。