甲状腺乳头状癌的病因目前尚未完全明确，但有一些相关因素被认为与之有关。目前研究发现，遗传因素可能是一个方面，约有5%-10%的甲状腺乳头状癌患者存在家族遗传倾向，有家族甲状腺癌病史的人群患病风险相对增高。
一、遗传因素相关
家族遗传倾向： 部分甲状腺乳头状癌具有家族聚集性，如果家族中有亲属患甲状腺乳头状癌，那么其他成员患该病的风险会比普通人群有所升高。比如一些遗传性甲状腺癌综合征相关的基因突变，可能会增加发病几率。
二、电离辐射因素
儿童期接受辐射： 儿童时期如果头颈部受到过电离辐射，如医疗辐射（像因其他疾病进行头颈部放疗等），会显著增加甲状腺乳头状癌的发病风险。有研究表明，儿童期头颈部接受1Gy及以上剂量的辐射，患甲状腺乳头状癌的可能性明显上升。
三、激素水平因素
雌激素影响： 女性相对男性来说，甲状腺乳头状癌发病率稍高，这可能与雌激素有关。雌激素可能会对甲状腺细胞的生长、分化等产生一定影响，在女性的一些生理阶段，如青春期、妊娠期等，体内雌激素水平变化较大，可能会在一定程度上影响甲状腺的状态，不过具体机制还在进一步研究中。
四、碘摄入因素
碘摄入异常： 碘摄入与甲状腺乳头状癌的关系也有一定探讨。长期碘摄入不足或碘摄入过量都可能对甲状腺组织产生影响。比如一些地区由于饮食中碘缺乏，可能会导致甲状腺代偿性增生等改变，而长期碘过量也可能引发甲状腺的一些病变，增加甲状腺乳头状癌的发病几率，但具体的作用机制还需要更多研究来明确。